موضوع فارسی :CryptoSite: گسترش Druggable
پروتئوم توسط خواص و پیش بینی
سایت اتصال مرموز
موضوع انگلیسی :CryptoSite: Expanding the Druggable
Proteome by Characterization and Prediction
of Cryptic Binding Sites
تعداد صفحه :11
فرمت فایل :PDF
سال انتشار :2016
زبان مقاله : انگلیسی
چکیده
بسیاری از پروتئین دارند مولکول کوچک اتصال جیب که می توان به راحتی در سازه های رایگان-لیگاند قابل تشخیص نیست.
این سایت مرموز نیاز به یک تغییر ساختاری به آن مشهود؛ بنابراین یک سایت مرموز می تواند
به عنوان یک سایت است که یک جیب به شکل در یک ساختار را Holo، اما نه در ساختار آپو تعریف شده است. از آنجا که بسیاری از پروتئین
به نظر می رسد فاقد جیب druggable، درک و با دقت شناسایی سایت های مرموز می تواند مجموعه ای گسترش
از اهداف مواد مخدر است. پیش از این، سایت های مرموز تجربی با مبتنی بر قطعه کشف لیگاند مشخص شد
و محاسباتی با طولانی پویایی شبیه سازی مولکولی و اتصال قطعه. در اینجا، ما در آغاز
ساخت مجموعه ای از ساختار تعریف جفت APO-را Holo با سایت های مرموز. بعد، ما جامع
توصیف سایت های مرموز از نظر توالی، ساختار آنها، و پویایی ویژگی های. ما که
سایت های مرموز تمایل به در تکامل به عنوان جیب سنتی الزام آور حفظ اما کمتر آبگریز هستند و
قابل انعطاف است. با تکیه بر این خصوصیات، ما با استفاده از یادگیری ماشین برای پیش بینی سایت های مرموز با نسبتا
دقت بالا (برای معیار ما، درست نرخ مثبت و نادرست هستند 73٪ و 29٪ بود).
پس از آن ما پیش بینی سایت های مرموز در کل پروتئوم انسان ساختاری مشخص (11،201 سازه،
پوشش 23٪ از تمام باقی مانده در پروتئوم). CryptoSite افزایش اندازه به طور بالقوه "druggable"
پروتئوم انسان از ~ 40٪ به ~ 78٪ از پروتئین های بیماری در ارتباط است. در نهایت، برای نشان دادن آب و برق از ما
رویکرد در عمل، ما به طور تجربی اعتبار یک سایت مرموز در پروتئین تیروزین فسفاتاز 1B با استفاده از یک
لیگاند کووالانسی و طیف سنجی NMR
دانلود مقاله ISI CryptoSite: گسترش Druggable پروتئوم توسط خواص و پیش بینی سایت اتصال مرموز