موضوع فارسی :پیشرفت های اخیر در QM / MM محاسبات انرژی آزاد با استفاده از پتانسیل های مرجع
موضوع انگلیسی :<!--StartFragment -->
Recent advances in QM/MM free energy calculations using reference potentials
تعداد صفحه :12
فرمت فایل :PDF
سال انتشار :2015
زبان مقاله : انگلیسی
سابقه و هدف: سال های اخیر پیشرفت های عظیمی در توسعه روش برای مدل سازی (زیستی) سیستم های مولکولی را دیده اند. این برای شبیه سازی سیستم های پیچیده همیشه بزرگتر و بیشتر مجاز است. با این حال، به عنوان چنین پیچیدگی افزایش می دهد، الزامات مورد نیاز برای این مدل می شود دقیق و جسمی معنی دار تبدیل فرقه Fi بیشتر و بیشتر به تومان LL تحقق. استفاده از مدل های فی اد ساده برای توصیف سیستم های بیولوژیک مدت طولانی است که نشان داده شده که یک راه موثر برای غلبه بر برخی از محدودیت های مرتبط با این هزینه های محاسباتی را در یک راه منطقی.
دامنه بررسی: QM ترکیبی / روش MM به سرعت تبدیل به یکی از ابزارهای محاسباتی محبوب ترین برای مطالعه واکنش شیمیایی در سیستم های بیومولکولی. با این حال، هزینه های بالای درگیر در انجام محاسبات QM سطح بالا کاربرد این روش ها را محدود کرده است در هنگام محاسبه انرژی آزاد فرایندهای شیمیایی. در این بررسی، ما در حال حاضر برخی از پیشرفت در استفاده از پتانسیل های مرجع و متوسط تقریب میدانی برای سرعت بخشیدن به سطح بالا QM / MM محاسبات. ما در حال حاضر برنامه های کاربردی گویا از این رویکردها و چالش ها و چشم انداز آینده برای میدان است.
نتیجه گیری مهم: استفاده از نظر فیزیکی مبتنی بر کاتیونهای ساده سازی نشان داده است به طور موثر کاهش هزینه های سطح بالا QM / MM محاسبات. به طور خاص، پتانسیل سطح پایین مرجع یکی را قادر به کاهش هزینه های محاسبات انرژی آزاد گران است، در نتیجه گسترش دامنه مشکلاتی که می توان به.
عمومی قابل cance فی: به عنوان در حال حاضر 40 سال پیش نشان داده، استفاده از مدل اد ساده سازی هنوز هم اجازه می دهد تا برای به دست آوردن یک برش نتایج لبه با هزینه محاسباتی قابل ملاحظه کاهش می یابد. این مقاله بخشی از یک موضوع خاص تحت عنوان پیشرفت های اخیر در دینامیک مولکولی است.
دانلود مقاله ISI پیشرفت های اخیر در QM / MM محاسبات انرژی آزاد با استفاده از پتانسیل های مرجع